Avec son flux de travail unique, ce kit de préparation de banques ultrasensible et robuste permet de générer des données de séquençage de transcrits complets de qualité à partir d’une seule cellule ou d’une quantité d’ARN extrêmement faible.
Cette méthode commence par une synthèse et une amplification d’ADNc optimisées faisant intervenir un mécanisme de changement de matrice (template switching), avec un protocole et des réactifs spécialement conçus. Même les transcrits peu abondants sont représentés parmi les grandes quantités d’ADNc obtenues. L’étape suivante consiste en une construction de banques simple et efficace, avec fragmentation enzymatique de l’ADN, réparation des extrémités et ajout d’un dA en 3′ à l’aide de NEBNext Ultra™ II FS Enzyme Mix.
Flux de travail de NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep
- Construction de banques de transcrits complets de qualité et à rendements élevés à partir d’une seule cellule ou de faibles quantités d’ARN totaux (2 pg – 200 ng)
- Détection de transcrits peu abondants avec une sensibilité exceptionnelle
- Détection de transcrits robuste pour un large éventail de quantités d’ARN initiaux et de types d’échantillons
- Obtention de transcrits complets avec une couverture uniforme, quels que soient la quantité d’ARN de départ ou le type d’échantillon
- Possibilité d’utiliser des cellules primaires ou en culture, ou des ARN totaux
- Flux de travail rapide et rationalisé avec des étapes de manipulation minimales, pour un gain de temps considérable
- Protocole en un seul tube, de la lyse cellulaire à la synthèse d’ADNc
- Un mélange d’enzymes unique pour la fragmentation enzymatique de l’ADN, la réparation des extrémités et l’ajout d’un dA en 3′, avec un seul protocole quel que soit le taux de GC
- Disponible avec ou sans réactifs de construction de banques
Des banques à rendements accrus avec NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit
Des banques de séquençage ont été construites à partir d’une seule cellule HeLa, Jurkat ou M1 ou de 10 pg d’Universal Human Reference (UHR) RNA (Agilent® réf. 740000) avec les quantités recommandées d’ERCC RNA Spike-In Mix I (Thermo Fisher Scientific® réf. 4456740). Les kits utilisés sont soit NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit, soit SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Clontech® réf. 634891) et Nextera XT DNA Library Prep Kit (Illumina® réf. FC-131-1096). Pour NEBNext, environ 80 % de l’ADNc a été utilisé pour la préparation de banques de séquençage et celles-ci ont été amplifiées par 8 cycles de PCR. Pour SMART-Seq v4/Nextera XT, conformément aux recommandations des fabricants, 125 pg d’ADNc ont été utilisés pour la préparation de banques de séquençage et celles-ci ont été amplifiées par 12 cycles de PCR. Les barres d’erreur indiquent les écarts-types pour 6-11 réplicats.
NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit offre une détection de transcrits plus sensible
Des banques de séquençage ont été construites à partir d’une seule cellule Jurkat (6 réplicats) en utilisant soit NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit, soit SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Clontech® réf. 634891) et Nextera XT DNA Library Prep Kit (Illumina® réf. FC-131-1096). Les banques ont été séquencées sur un instrument Illumina NextSeq® 500 en mode extrémités appariées (2 × 76 pb). TPM = transcrits par kilobase million. Chaque point représente le nombre de transcrits identifiés dans l’intervalle de TPM indiqué, et les boîtes représentent le premier quartile, la médiane et le troisième quartile pour chaque réplicat. Salmon 0.6 a été utilisé pour l’alignement des lectures et la quantification de tous les transcrits répertoriés dans GENCODE v25. Les différents diagrammes montrent le nombre de transcrits détectés dans les intervalles de TPM suivants : 1-5, 5-10, 10-50 et > 50 TPM. Le nombre de transcrits peu abondants identifiés est supérieur pour les banques NEBNext.
NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit offre une couverture uniforme quelle que soit la longueur des transcrits
Des banques de séquençage ont été construites à partir d’une seule cellule HeLa, Jurkat ou M1 ou de 10 pg d’Universal Human Reference (UHR) RNA (Agilent® réf. 740000) avec les quantités recommandées d’ERCC RNA Spike-In Mix I (Thermo Fisher Scientific® réf. 4456740). Les kits utilisés sont soit NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit, soit SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Clontech® réf. 634891) et Nextera XT DNA Library Prep Kit (Illumina® réf. FC-131-1096). Les banques ont été séquencées sur un instrument Illumina NextSeq® 500 en mode extrémités appariées (2 × 76 pb). La couverture de la région transcrite des gènes illustrée ici correspond à la moyenne de quatre réplicats et a été calculée à l’aide de Picard Tools. La vue globale de la couverture 5′→3′ des transcrits répertoriés dans RefSeq montre qu’elle est constante pour les différents types d’échantillons et uniforme quelle que soit la longueur des transcrits dans les banques NEBNext.
Liste des produits disponibles
| PRODUIT | REF. | COND. | PRIX | PLUS D’INFOS |
|---|---|---|---|---|
| NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit for Illumina | E6420S | 24 rxns |  |
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| E6420L | 96 rxns | |||
| NEBNext Single Cell/ Low Input cDNA Synthesis & Amplification Module | E6421S | 24 rxns | |
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| E6421L | 96 rxns | |||
| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
(Index Primers Set 1, 2, 3, 4) |
E7335S/L, E7500S/L, E7710S/L, E7730S/L | 24 / 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Index Primers) | E6609S | 96 rxns | |
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| E6609L | 384 rxns | |||
| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Set 1, 2) | E7600S, E7780S | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) | E6440S/L | 96 / 384 rxns | |
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| NEW NEBNext Magnetic Separation Rack | S1515S | 1 rack pour 24 tubes | |
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Stand: 19.06.2018
Plus d’informations disponibles dans la section Ressources Techniques ou sur neb.com
