De nombreuses enzymes de restriction sont sensibles à l’état de méthylation de l’ADN. Le clivage peut être bloqué ou perturbé lorsqu’une base particulière au niveau du site de reconnaissance est modifiée.
Des chercheurs de NEB ont récemment identifié la famille d’enzymes de restriction MspJI, qui clivent uniquement l’ADN méthylé et hydroxyméthylé. Ces enzymes excisent des fragments d’environ 32 paires de bases contenant une 5-hmC ou une 5-mC centrale, qui peuvent être extraits et séquencés. La position de cette modification épigénétique étant connue, une conversion au bisulfite n’est pas nécessaire avant l’analyse en aval.
Validées à l’aide des produits EpiMark, ces enzymes de restriction dépendantes de la méthylation augmentent le potentiel de cartographie des modifications épigénétiques, simplifient l’étude de la méthylation de l’ADN et permettent de mieux comprendre le rôle de la 5-hydroxyméthylcytosine dans le génome.
Certaines de nos enzymes de restriction existantes peuvent également être utilisées pour étudier les modifications épigénétiques de l’ADN. Par exemple, DpnI et DpnII reconnaissent la même séquence mais différents motifs de méthylation, tandis que McrBC clive l’ADN seulement s’il est méthylé sur au moins un brin.
- Spécificité vis-à-vis des modifications de l’ADN importantes d’un point de vue épigénétique (5-mC et 5-hmC)
- Protocoles simples (digestion enzymatique suivie d’une extraction sur gel)
- Méthode moins agressive que la conversion au bisulfite
- Analyse de données simplifiée
MspJI simplifie l’analyse de la méthylation de l’ADN
MspJI reconnaît l’ADN méthylé et hydroxyméthylé, et excise des fragments d’environ 32 pb pouvant être séquencés en aval. Les produits de digestions de 1 µg d’ADN génomique de différentes sources incubées toute une nuit avec MspJI, ainsi que les contrôles sans MspJI, sont présentés ici. Remarque : l’ADN de levure n’est pas méthylé, d’où l’absence de fragments de 32 pb après digestion par MspJI.
Liste des produits disponibles
| PRODUIT | REF. | COND. | PRIX |
|---|---|---|---|
| MspJI | R0661 S/L | 200/1 000 units |  |
| LpnPI | R0663 S | 200 units | |
| FspEI | R0662 S/L | 200/1 000 units | |
| DpnI | R0176 S/L | 1 000/5 000 units | |
| DpnII | R0543 S/L/T/M | 1 000/5 000 units | |
| McrBC | M0272 S/L | 500/2 500 units | |
| MspI | R0106 S/L/T/M | 5 000/25 000 units | |
| HpaII | R0171 S/L/M | 200/10 000 units | |
Plus d’informations disponibles dans la section Ressources Techniques ou sur neb.com
