Kit Monarch Purification ADN génomique

Extraction et purification d’ADN génomique

Purifiez rapidement et facilement de l’ADNg de haut poids moléculaire de qualité à partir de différents types d’échantillons à l’aide d’un seul kit !

Monarch Genomic DNA Purification Kit est une solution complète pour la lyse cellulaire, l’élimination de l’ARN et la purification d’ADN génomique (ADNg) intact à partir d’un large éventail d’échantillons biologiques, notamment les cultures cellulaires, le sang et les tissus de mammifères. Les bactéries et les levures peuvent également être traitées avec des étapes supplémentaires permettant d’améliorer la lyse de ces échantillons difficiles à lyser. Des protocoles sont également inclus pour la purification à partir d’échantillons cliniques tels que la salive et les frottis buccaux, ainsi que le nettoyage rapide d’ADNg précédemment extrait. L’ADNg purifié convient aux applications en aval telles que la PCR en point final, la qPCR et la préparation de banques pour le séquençage NGS. Il a généralement une taille de pic supérieure à 50 kb, ce qui fait de ce kit un excellent choix en amont des plateformes de séquençage à longues lectures.

Monarch Genomic DNA Purification Kit permet de purifier efficacement de l’ADNg de haut poids moléculaire de qualité à partir de divers types d’échantillons.

100 ng d’ADN génomique de chaque échantillon ont été chargés sur un gel d’agarose à 0,75 %. L’ADNg a été isolé à l’aide des protocoles standards pour le sang, les cultures cellulaires et les tissus, et à l’aide des protocoles supplémentaires pour les frottis buccaux, la salive et les bactéries Gram– et Gram+. Matériel initial utilisé : 1 x 10⁶ cellules HeLa, 100 μl de sang humain, 10 μl de sang aviaire, 10 mg de poudre de tissu congelé, 1 frottis buccal, 500 μl de salive et ~1 x 10⁹ cellules bactériennes. Lambda DNA-Hind III Digest (NEB réf. N3012) a été utilisé comme marqueur dans la dernière piste (M). Les échantillons d’ADNg purifié ont été analysés à l’aide de Genomic DNA ScreenTape® sur Agilent Technologies®4200 TapeStation®. Les échantillons donnent généralement des tailles de pics de 50–70 kb et des scores DIN (DNA Integrity Number) d’environ 9. Les fractions cellulaires issues du frottis buccal et de la salive contiennent des cellules mortes comme attendu, provoquant des traînées avec des bandes apoptotiques à faible poids moléculaire caractéristiques.

Agilent Technologies® 4200 TapeStation® Genomic DNA ScreenTape a été utilisé pour l’analyse des échantillons de sang, de culture cellulaire et de tissu purifiés à l’aide des protocoles concernés de Monarch Genomic DNA Purification Kit et de Qiagen DNeasy Blood & Tissue Kit. L’ADNg a été élué dans un volume de 100 μl et 1/100 des éluats (~1 μl) a été chargé sur Genomic DNA ScreenTape. Matériel initial utilisé : 100 μl de sang total humain frais, 100 μl de sang porcin congelé, 1 × 10⁶ cellules HeLa et 10 mg de poudre de tissu congelé. Les échantillons d’ADNg purifiés à l’aide de Monarch donnent généralement des tailles de pics de 50–70 kb et des scores DIN (DNA Integrity Number) d’environ 9. Les tailles de pics de l’ADNg purifié par DNeasy sont généralement inférieures à 30 kb, avec des scores DIN d’environ 7-8. Les kits DNeasy donnent des rendements inférieurs et de faibles rapports A260/A230 pour les échantillons de foie, de cerveau, de muscle et de sang congelé.

Obtenez de l’ADN génomique intact pour la PCR longs fragments, la qPCR, le séquençage NGS et d’autres applications en aval.

Des réactions d’amplification ont été préparées avec des couples d’amorces spécifiques pour des amplicons de 6, 8, 10, 12, 16 et 20 kb à partir d’ADN humain. LongAmp®Hot Start Taq 2X Master Mix (NEB réf. M0533) a été utilisé et 25 ng d’ADN matrice ont été ajoutés à chaque échantillon. Les réactions PCR ont été effectuées sur un thermocycleur Applied Biosystems 2720. L’ADN génomique purifié avec Monarch à partir de cellules HeLa et de sang humain a été comparé avec de l’ADN de référence commercial issu de la lignée cellulaire humaine NA19240 F11. 10 μl ont été chargés sur un gel d’agarose à 1,5 %, avec 1 kb DNA Ladder (NEB réf. N3232) comme marqueur. Les résultats indiquent que l’ADN est d’une grande intégrité et peut être utilisé pour une PCR longs fragments.

B. L’ADN génomique purifié avec Monarch à partir de sang total humain, de cellules HeLa et de queue de souris a été dilué de façon à obtenir des concentrations de matrice couvrant cinq ordres de grandeur. Les résultats ont été obtenus en effectuant des réactions de qPCR avec des amorces ciblant gHEME (sang total humain) et gREL (HeLa, queue de souris), à l’aide de Luna® Universal qPCR Master Mix (NEB #M3003), sur un thermocycleur qPCR Bio-Rad® CFX Touch. Les résultats indiquent que l’ADN est très pur et exempt d’inhibiteurs, ce qui est optimal pour la qPCR.

Des banques ont été préparées en duplicat à partir de 100 ng d’ADNg de cellules HeLa purifié avec Monarch (en orange) ou Qiagen DNeasy Mini Kit (en bleu), à l’aide de NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illumina (NEB réf. E7805). Les banques ont été séquencées sur Illumina MiSeq. Les lectures ont été alignées à l’aide de Bowtie 2.2.4 et la couverture des GC a été calculée avec CollectGCBiasMetrics (v1.117) de Picard. La couverture normalisée attendue de 1.0 est indiquée par la ligne grise horizontale, le nombre de régions de 100 pb à chaque pourcentage de GC est indiqué par les barres grises verticales, et les lignes de couleur représentent la couverture normalisée pour chaque banque. La couverture GC obtenue avec Monarch correspondait aux résultats de Qiagen DNeasy.

B. Des banques à rendements élevés ont été obtenues avec l’ADNg purifié à l’aide de Monarch. Les rendements des banques obtenues à partir des échantillons décrits ci-dessus ont été déterminés sur Agilent Technologies® 2100 BioAnalyzer à l’aide de High Sensitivity DNA Kit.

Types d’échantillons validés :

• Queue de souris
• Oreille de souris
• Foie de souris
• Foie de rat
• Rein de souris
• Rate de souris
• Cœur de souris
• Poumon de souris
• Cerveau de souris
• Cerveau de rat

• Muscle de souris
• Muscle de rat
• Muscle de cerf
• Sang humain
• Sang de souris
• Sang de lapin
• Sang de porc
• Sang de cobaye
• Sang de vache
• Sang de cheval
• Sang de chien

• Sang de poulet
• Cellules HeLa
• Cellules HEK293
• Cellules NIH3T3
• coli
• Rhodobacter sp.
• cereus
• kodakarensis
• cerevisiae
• Salive
• Frottis buccal

Monarch Genomic DNA Purification Kit ne convient pas à l’isolation d’ADN à partir de plantes, d’insectes ou d’échantillons FFPE.

Tous les kits Monarch destinés à la purification d’acides nucléiques sont conçus pour un impact environnemental minimal

Nous utilisons pour cela des colonnes et des flacons à parois particulièrement fines. Nous réduisons ainsi l’utilisation de plastique et par conséquent la quantité de déchets au laboratoire. Par ailleurs, l’emballage est entièrement composé de matériaux recyclés.

Produits Monarch ADNg disponibles :

PRODUIT	REF.	COND.	PRIX
Monarch Genomic DNA Purification Kit	T3010S/L	50 / 150 preps
Monarch gDNA Tissue Lysis Buffer	T3011L	34 ml
Monarch gDNA Cell Lysis Buffer	T3012L	20 ml
Monarch gDNA Blood Lysis Buffer	T3013L	20 ml
Monarch gDNA Binding Buffer	T3014L	65 ml
Monarch gDNA Wash Buffer	T3015L	60 ml
Monarch gDNA Elution Buffer	T3016L	34 ml
Monarch gDNA Purification Columns	T3017L	100 preps
Monarch RNase A	T3018L	1 ml
Monarch HMW DNA Extraction Kit for Cells & Blood	T3050 S/L	5/50 preps
Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissue	T3060 S/L	5/50 preps