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Kits EpiMark

EpiMark Methylated DNA Enrichment Kit

EpiMark® Methylated DNA Enrichment Kit est conçu pour l’enrichissement en ADN double brin méthylé au niveau des CpG, en fonction de la densité de méthylation des CpG. Ce kit utilise le domaine de liaison aux CpG méthylés de la protéine MBD2a humaine comme agent de capture. Celle-ci est fusionnée au fragment Fc de l’IgG1 humaine (MBD2a-Fc), qui se fixe à la protéine A couplée à des billes magnétiques (MBD2a-Fc / bille de protéine A). Ce complexe stable se lie de façon sélective à l’ADN double brin contenant des CpG méthylés. L’alliance entre des billes à forte affinité de liaison et des réactifs optimisés offre une sensibilité et une précision accrues. Ce kit contient tous les composants individuels nécessaires pour réaliser l’enrichissement en moins de deux heures à l’aide d’un protocole en quatre étapes.

Workflow:

DNA Enrichment Workflow
Avantages:
  • Sensibilité accrue
  • Protocole simple permettant d’obtenir des échantillons enrichis en ADN méthylé en moins de 2 heures
  • Compatible avec diverses applications en aval, y compris le séquençage de nouvelle génération
  • Convient pour les faibles concentrations d’ADN initial

Utilisation directe dans les techniques d’analyse en aval suivantes :

DNA Enrichment Comparison

EpiMark Methylated DNA Enrichment Kit présente une sensibilité supérieure à celle d’autres kits commerciaux.

 

DNA Enrichment Input

Epimark Methylated DNA Enrichment Kit offre un excellent rapport signal/bruit, même pour des concentrations d’ADN initial très faibles.

REF. PRODUIT COND. PRIX
E2600 S EpiMark® Methylated DNA Enrichment KitNEB Shop_icon 25 Reactions 426,- Euro

EpiMark 5-mC and 5-hmC Analysis Kit

Une solution révolutionnaire pour la quantification de la 5-hydroxyméthylcytosine en épigénétique

New England Biolabs présente EpiMark® 5-hmC and 5-mC Analysis Kit, une méthode simple et robuste pour l’identification et la quantification de la 5-hydroxyméthylcytosine (5-hmC) et de la 5-méthylcytosine (5-mC) au niveau d’un locus spécifique. Cette approche enzymatique exploite la sensibilité différentielle des isoschizomères MspI et HpaII vis-à-vis de la méthylation, avec un protocole simple en trois étapes (décrit ci-dessous). Premier test PCR du marché à permettre l’identification et la quantification reproductibles de la 5-hmC et de la 5-mC, ce kit EpiMark ouvre la voie à la découverte de nouveaux biomarqueurs.

Avantages:
  • Quantification reproductible de la 5-hmC et de la 5-mC
  • Protocoles simples
  • Compatible avec les techniques existantes (PCR)
  • Adaptable au haut débit

Principe de l’identification de la 5-hydroxyméthylcytosine et de la 5-méthylcytosine avec EpiMark 5-hmC and 5-mC Analysis Kit (Cliquer sur l’image pour l’agrandir)

Analyse de l’état de méthylation dans différents échantillons de tissus de souris Balb/C avec EpiMark 5-hmC and 5-mC Analysis Kit.

A) PCR en point final des produits des 6 réactions différentes nécessaires à l’analyse de la méthylation. Les pistes encadrées indiquent la présence de 5-hmC.
B) PCR en temps réel effectuée pour déterminer les quantités de 5-hmC et de 5-mC présentes. Les résultats montrent une variation des niveaux de 5-hmC dans les tissus indiqués.

REF. PRODUIT COND. PRIX
E3317 S EpiMark® 5-hmC and 5-mC Analysis KitNEB Shop_icon 20 Reactions 239,- Euro
M0357 S T4 Phage β-glucosyltransferaseNEB Shop_icon 500 Reactions 87,- Euro
M0357 L T4 Phage β-glucosyltransferaseNEB Shop_icon 2500 Reactions 384,- Euro

EpiMark Bisulfite Conversion Kit

La conversion au bisulfite de sodium est le test de référence actuel pour l’analyse de la méthylation. Cette technique permet de révéler l’état de méthylation de tous les résidus de cytosine et est compatible avec les méthodes de séquençage massif parallèle.

Le traitement au bisulfite convertit les cytosines non modifiées en uraciles, sans affecter les bases modifiées (5-mC et 5-hmC). EpiMark® Bisulfite Conversion Kit est conçu pour la détection des cytosines méthylées à l’aide d’une série de cycles alternés de dénaturation thermique et d’incubation avec du bisulfite de sodium. Ce kit contient tous les réactifs nécessaires à une conversion au bisulfite complète, y compris des colonnes à centrifuger. L’amplification des échantillons traités au bisulfite peut ensuite être réalisée avec EpiMark® Hot Start Taq DNA Polymerase.

Avantages:
  • Conversion complète des cytosines non modifiées en uraciles
  • Protocole simple permettant d’obtenir des résultats fiables et cohérents
  • Kit complet contenant tous les réactifs nécessaires, y compris des colonnes de purification

Principe de la conversion au bisulfite

Bisulfit Methode

Le kit EpiMark permet une conversion complète de l’ADN

1 µg d’ADN génomique a été traité avec Epimark Bisulfite Conversion Kit et 2 µl d’ADN élué sur 40 µl d’éluant ont été analysés par PCR en point final avec EpiMark Hot Start Taq DNA Polymerase. L’amplification a été réalisée avec des paires d’amorces spécifiques à l’ADN converti au bisulfite (pistes 1, 3 et 5) ou à l’ADN non converti (pistes 2, 4 et 6) ; l’absence de produit d’amplification dans les pistes 2, 4 et 6 indique une conversion complète.

EpiMark Hot Start DNA Polymerase

EpiMark® Hot Start Taq DNA
Polymerase – un excellent choix pour l’amplification d’ADN traité au bisulfite

EpiMark Hot Start Taq DNA Polymerase est un mélange de Taq ADN polymérase et d’un aptamère inhibiteur thermosensible. Ce dernier se lie de manière réversible à l’enzyme et inhibe son activité à des températures inférieures à 45 °C, mais la libère dans les conditions PCR normales. Les réactions PCR peuvent ainsi être préparées à température ambiante et ne nécessitent pas d’étape d’activation. L’association de cette activité hot start reposant sur un aptamère et du tampon réactionnel optimisé fourni fait de l’EpiMark Hot Start Taq DNA Polymerase un excellent choix pour l’amplification d’ADN traité au bisulfite.

REF. PRODUIT COND. PRIX
E3318 S EpiMark® Bisulfite Conversion KitNEB Shop_icon 48 Reactions 145,- Euro
M0490 S EpiMark® Hot Start Taq DNA PolymeraseNEB Shop_icon 100 Reactions 55,- Euro
M0490 L EpiMark® Hot Start Taq DNA PolymeraseNEB Shop_icon 500 Reactions 220,- Euro

EpiMark Nucleosome Assembly Kit

Chez les eucaryotes, la chromatine est organisée en noyaux nucléosomiques, des complexes formés d’un filament d’ADN d’environ 147 pb et d’un octamère d’histones constitué de deux molécules de chaque classe (H2A, H2B, H3 et H4). L’histone de liaison, H1, est capable de condenser davantage la chromatine en se liant à l’ADN de liaison situé entre les noyaux nucléosomiques. Pour les études de modification des histones, New England Biolabs offre une gamme d’histones humaines recombinantes non modifiées, qui peuvent servir de substrats et s’assembler en octamères. La formation d’octamères est encore plus simple avec EpiMark Nucleosome Assembly Kit, qui contient des dimères d’histones H2A/H2B et des tétramères d’histones H3.1/H4 préformés.

Applications :

  • Purification et caractérisation d’enzymes modifiant les histones
  • Études des modifications des octamères
  • Immunoprécipitation de la chromatine en présence de chromatine « carrier » (CChIP, Carrier Chromatin Immunoprecipitation)

EpiMark Nucleosome Assembly Kit contient tous les composants nécessaires à la formation de nucléosomes humains recombinants avec un ADN de votre choix ou l’ADN de contrôle fourni. Ces nucléosomes recombinants constituent de meilleurs substrats pour les enzymes (exemples : acétylases, méthylases, sumoylases) ou autres protéines interagissant avec la chromatine qui sont incapables de se lier aux histones individuelles ou à l’ADN seul et/ou de les modifier. Histone H2A/H2B Dimer et Histone H3.1/H4 Tetramer peuvent également représenter des substrats plus adaptés que les histones individuelles, grâce à un repliement et à une structure adéquate.

Nucleosome Assembly Gel

Test de retard sur gel pour visualiser la formation de nucléosomes
Les produits de réactions d’assemblage de nucléosomes ont été analysés sur un gel de polyacrylamide à 6 % dans du TBE 0,5X.
Piste 1 : Low Molecular Weight DNA Ladder (NEB réf. N3233)
Piste 2 : Nucleosome Control DNA
Piste 3 : 0,5:1 Octamère*/ADN
Piste 4 : 1:1 Octamère*/ADN
*Octamère = mélange 2:1 d’Histone H2A/H2B Dimer et d’Histone H3.1/H4 Tetramer.

REF. PRODUIT COND. PRIX
E5350 S EpiMark Nucleosome Assembly KitNEB Shop_icon 20 reactions 533,- Euro
M2501 S H10 Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2502 S H2A Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2505 S H2B Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2503 S H3.1 Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2506 S H3.2 Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2507 S H3.3 Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2504 S H4 Human, RecombinantNEB Shop_icon 100 µg 55,- Euro
M2509 S Histone H3.1/H4 Tetramer Human, RecombinantNEB Shop_icon 1 nmol 208,- Euro
M2508 S Histone H2A/H2B Dimer Human, RecombinantNEB Shop_icon 2 nmol 208,- Euro
N1202 S Nucleosome Control DNANEB Shop_icon 0,2 nmol 108,- Euro

Plus d’informations disponibles dans la section Ressources Techniques ou sur neb.com