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NEB SplintR Ligase

SplintR Ligase catalyse efficacement la ligature de molécules d’ADN simple brin adjacentes reliées entre elles par appariement à un brin d’ARN complémentaire. Cette activité inédite ouvre la voie à de nouvelles approches pour la caractérisation des miARN et des ARNm, notamment la détection de SNP. SplintR Ligase est idéale pour de nombreuses méthodes d’enrichissement ciblé, avec des applications en séquençage de nouvelle génération et en diagnostic moléculaire. Grâce à son activité robuste et à son affinité pour les substrats d’ADN reliés via un fragment d’ARN (Km apparent = 1 nM), cette enzyme permet de détecter des ARN spécifiques à des concentrations inférieures au nanomolaire parmi un mélange complexe, ce qui en fait un outil de choix pour les technologies de détection d’ARN nécessitant une sensibilité élevée.

Applications :

  • Ligature de molécules d’ADN simple brin reliées via des brins d’ARN complémentaires
  • Détection d’ARN par ligature de sondes d’ADN
  • Détection de SNP ou d’épissages alternatifs
  • RASL-Seq

(A) Schéma du test de ligature : deux oligonucléotides d’ADN, dont un « donneur » phosphorylé en 5´ et couplé au FAM en 3´ d’une part et un « accepteur » non modifié d’autre part, sont hybridés à un fragment d’ARN complémentaire. Ce substrat est mis en présence d’une ligase pour former un mélange de réactifs initiaux (I), d’ADN adénylés (II) et de produits de ligature (III). Ces produits sont dénaturés, séparés par électrophorèse capillaire et détectés par fluorescence.

(B) Ligature du substrat relié via un brin d’ARN dans le SplintR Ligase Reaction Buffer pendant 15 minutes à 25 °C : (a) sans enzyme, (b) avec la T4 DNA Ligase à 1 μM et (c) avec la SplintR Ligase à 100 nM. Les pics numérotés correspondent au pADN initial (I), à l’AppADN (II) et au produit de ligature (III), comme l’indique leur coélution avec les étalons synthétiques respectifs.

(C) Des réactions de ligature ont été préparées avec la SplintR Ligase et la T4 DNA Ligase à des concentrations comprises entre 10 pM et 10 μM, et incubées pendant 15 minutes à 25 °C, afin de comparer les proportions de produits de ligature obtenus avec chacune de ces deux enzymes. De toute évidence, la SplintR Ligase catalyse la ligature d’ADN hybridés à un ARN complémentaire de manière bien plus efficace que la T4 DNA Ligase.

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M0375 S SplintR™ Ligase 1.250 units 94,- € NEB Shop_icon NEB Info_icon
M0375 L SplintR™ Ligase 6.250 units 423,- € NEB Shop_icon NEB Info_icon

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