La quantification précise des banques de séquençage nouvelle génération (NGS) est essentielle à l’obtention d’un maximum de données de qualité à chaque analyse.
Pour le séquençage Illumina, il est important de déterminer la concentration des banques avec précision afin d’obtenir des densités d’amplifiats optimales, de manière à générer les meilleurs résultats possibles.
Considérée comme la technique la plus précise et efficace pour la quantification de librairies, la qPCR offre une cohérence et une reproductibilité exceptionnelles.
Les méthodes axées sur l’amplification quantifient uniquement les molécules contenant les deux adaptateurs, ce qui permet d’estimer avec une précision accrue la concentration des fragments séquençables.
NEBNext Library Quant Kit apporte des améliorations considérables par rapport à la quantification de banques NGS par qPCR.
- Une quantification plus fiable, avec des résultats plus précis et reproductibles que ceux d’autres méthodes et kits
- Un kit facile à utiliser, contenant un tampon de dilution, un master mix optimisé, 4 étalons et du colorant ROX
- Des réactions simplifiées, avec peu d’étapes de pipetage et un seul temps d’élongation pour toutes les banques
- Quantification d’un plus grand nombre de librairies par kit (seulement 4 étalons requis)
- Convient à toutes vos banques quels que soient la taille des inserts, le taux de GC et la méthode de préparation
- Un coût réduit avec un excellent rapport qualité/prix
Feature Article:
„The Quantitation Question: How does accurate
library quantitation influence sequencing?“
NEBNext permet de quantifier les banques quels que soient leur taille et leur taux de GC, de manière à obtenir des densités d’amplifiats optimales.
Des banques de 310-963 pb issues des sources indiquées ont été quantifiées à l’aide de NEBNext Library Quant Kit, puis diluées à 8 pM et chargées sur un instrument MiSeq® (réactifs v2 ; MCS v2.4.1.3). Les concentrations des banques s’étendaient de 7 à 120 nM, et les densités d’amplifiats brutes étaient comprises entre 965 et 1300 k/mm² (moyenne = 1199). Des densités d’amplifiats optimales ont été obtenues à l’aide des concentrations déterminées par NEBNext Library Quant Kit pour toutes les tailles de librairie.
Une quantification de banques plus reproductible avec NEBNext Library Quant Kit
Trois banques de 340-400 pb ont été quantifiées par 4 utilisateurs différents 2 à 4 fois soit avec NEBNext, soit avec KAPATM Library Quantification Kit (Universal). Les concentrations déterminées étaient bien plus reproductibles avec le kit NEBNext (en orange) qu’avec le kit KAPA (en gris).
Les valeurs déterminées par NEBNext Library Quant Kit permettent d’obtenir des densités d’amplifiats optimales
Sept banques différentes ont été quantifiées soit avec NEBNext Library Quant Kit (en orange), soit avec KAPA Library Quantification Kit (Universal) (en gris). Les concentrations des banques non diluées s’étendaient de 2 à 200 nM. Ces dernières ont été diluées à 8 pM et chargées sur un instrument MiSeq® (réactifs v2 ; MCS v2.4.1.3). Les banques quantifiées avec le kit NEBNext ont donné une densité d’amplifiats brute moyenne de 1160 k/mm² (soit en plein dans l’intervalle optimal 900-1300 k/mm²), contre seulement 660 k/mm² pour les librairies dont les concentrations ont été déterminées à l’aide du kit KAPA.
Liste des produits disponibles
| PRODUIT | REF. | COND. | PRIX |
|---|---|---|---|
| NEBNext Library Quant Kit for Illumina | E7630 S | 100 rxns |  |
| NEBNext Library Quant Kit for Illumina | E7630 L | 500 rxns | |
Plus d’informations disponibles dans la section Ressources Techniques ou sur neb.com
