NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit

L’analyse de l’ADN du microbiome peut être complexe en raison de la proportion élevée d’ADN hôte présent dans de nombreux échantillons. NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit facilite l’enrichissement en ADN génomique microbien à partir d’échantillons contenant de l’ADN hôte méthylé (notamment humain). Ce kit fixe et élimine de manière sélective l’ADN hôte méthylé au niveau des CpG, tout en préservant la diversité microbienne.

• Préparer l’ADN génomique. L’échantillon doit être dépourvu de protéines, de protéinase A, de SDS et de solvants organiques ; la taille de l’ADN doit être supérieure ou égale à 15 kb pour des performances optimales.
• Mélanger NEBNext MBD2-Fc Protein et NEBNext Protein A Magnetic Beads dans 1X NEBNext Bind/wash Buffer. Incuber la réaction pendant 10 minutes à température ambiante. Laver les billes deux fois dans le NEBNext Bind/wash Buffer.
• Ajouter l’ADN aux billes magnétiques couplées à MBD2-Fc. Incuber la réaction pendant 15 minutes à température ambiante avec agitation douce.
• Recueillir le surnageant enrichi en ADN microbien et les billes contenant l’ADN hôte.

Enrichissement en ADN du microbiome salivaire

L’ADN a été purifié à partir d’un pool de salive humaine (Innovative Research) et enrichi avec NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit. Des banques ont été préparées à partir d’échantillons enrichis et non enrichis, et séquencées sur la plateforme SOLiD 4. Le graphique montre les pourcentages de lectures (sur un total de 500 à 537 millions de lectures SOLiD4 de 50 pb) alignées sur la séquence de référence humaine (hg19) ou une séquence microbienne figurant dans la base de données Human Oral Microbiome Database (HOMD)[1]. (HOMD n’étant pas exhaustive, ~80 % des lectures des échantillons enrichis ne s’alignent sur aucune des deux bases de données.) Les lectures ont été alignées à l’aide de Bowtie 0.12.7[2] avec les paramètres classiques (2 mésappariements dans une région seed de 28 pb, etc.).

Diversité du microbiome

La diversité du microbiome est conservée après enrichissement avec NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit. L’ADN a été purifié à partir d’un pool de salive humaine (Innovative Research) et enrichi à l’aide de NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit. Des bibliothèques d’échantillons enrichis et non enrichis ont été préparées, puis séquencées sur la plateforme SOLiD 4. Le graphique montre une comparaison de l’abondance relative de chaque espèce bactérienne figurant dans la base de données HOMD[1] avant et après enrichissement avec NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit. L’abondance est déduite du pourcentage de lectures s’alignant sur chaque espèce par rapport au nombre total de lectures s’alignant sur la base de données HOMD. La concordance reste élevée même pour les espèces peu abondantes (voir l’agrandissement du graphique). Nous avons comparé 501 millions de lectures SOLiD4 de 50 pb pour les échantillons enrichis avec 537 millions de lectures SOLiD4 de 50 pb pour les échantillons non enrichis. Les lectures ont été alignées à l’aide de Bowtie 0.12.7[2] avec les paramètres classiques (2 mésappariements dans une région seed de 28 pb, etc.). * Niesseria flavescens : il se peut que l’ADN de cet organisme possède une densité de méthylation inhabituelle lui permettant de se lier aux billes d’enrichissement à une faible concentration. D’autres espèces de Niesseria (N. mucosa, N. sicca et N. elongata) sont représentées, mais ne présentent pas cet enrichissement anormal.

Produit disponible

PRODUIT	REF.	COND.	PRIX
NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit	E2612 S/L	6 rxns / 24 rxns