Votre solution de génotypage
NEBNext Direct Genotyping Solution allie enrichissement hautement multiplexe par capture et séquençage de nouvelle génération ultra-efficace, pour un génotypage à faible coût et à haut débit, adapté à une multitude d’applications.
Applicable à 100-5 000 marqueurs, le multiplexage pré-capture de 96 échantillons, avec 8 index de pool standards, permet d’analyser jusqu’à 768 échantillons / 3,8 millions de génotypes par séquençage Illumina.
D’autres index de pool sont disponibles sur demande, pour le multiplexage d’un maximum de 9 160 échantillons par analyse.
Capture hautement multiplexe de marqueurs génomiques pour un génotypage par NGS à haut débit
NEB développera des jeux de sondes équilibrés en utilisant l’ADN génomique purifié à partir de votre matériel source. Cela nous permet d’optimiser les performances pour votre application spécifique, avec la qualité d’ADN généralement obtenue.
Flux de travail de NEBNext Direct Genotyping Solution
TLe protocole de NEBNext Direct Genotyping Solution démarre avec 25-100 ng d’ADN génomique purifié. Les molécules d’ADN sont fragmentées par des enzymes et marquées en 5´ par un adaptateur P5 compatible avec Illumina qui comporte, d’une part, un index d’échantillon intégré pour marquer chacun des échantillons avant qu’ils ne soient combinés en un pool et, d’autre part, un identificateur moléculaire unique (UMI, Unique Molecular Identifier) intégré pour marquer chaque fragment d’ADN unique au sein des échantillons.
Jusqu’à 96 échantillons sont ensuite rassemblés en un pool, avant d’être enrichis par hybridation à des sondes biotinylées et capturés sur des billes recouvertes de streptavidine. Le reste du protocole consiste à traiter jusqu’à 96 échantillons combinés en un pool unique, avec la ligature d’un adaptateur en 3´, l’élimination des séquences non cibles et la PCR finale, qui amplifie l’ADN et ajoute un second index de pool pour produire le fragment final à séquencer.
- Flux de travail en une seule journée
- Multiplexage pré-capture de 96 échantillons pour le génotypage de 100-5 000 marqueurs
- Traitement d’un maximum de 9 160 échantillons par séquençage
- Sondes spécialement conçues et multiplexage des échantillons pour maximiser l’efficacité du séquenceur
- Spécificité et uniformité de couverture élevées
Performances
Couverture uniforme
NEBNext Direct Genotyping Solution offre des génotypages fiables et précis, avec un nombre réduit de lectures de séquençage. Cela est possible grâce à un enrichissement hautement spécifique et cohérent de l’ensemble des loci cibles, ce qui réduit les données de séquençage dues aux séquences non cibles, tout en augmentant le nombre de marqueurs pouvant être inclus dans les analyses.
NEBNext Direct Genotyping Solution présente une couverture similaire pour l’ensemble des 96 échantillons combinés
Couverture moyenne des SNP pour 2 309 marqueurs SolCAP dans 96 échantillons. 25 ng d’ADN purifié de tomate ont été utilisés pour chaque échantillon. Les échantillons ont été marqués par des index et combinés en un pool avant hybridation. Les banques ont été séquencées sur Illumina MiSeq, avec 20 cycles de lecture 1 pour séquencer l’UMI de 12 bases et l’index d’échantillon de 8 bases, et 75 cycles de lecture 2 pour séquencer les cibles.
Couverture moyenne pour 2 309 marqueurs dans un seul échantillon
L’histogramme de couverture pour chacun des 2 309 marqueurs SolCAP montre un enrichissement uniforme de l’ensemble des cibles et des taux de couverture suffisants pour des génotypages réussis. Ces données représentent l’enrichissement d’un seul échantillon de tomate combiné avec 95 autres avant hybridation. 25 ng d’ADN purifié de tomate ont été utilisés pour chaque échantillon. Les échantillons ont été marqués par des index et combinés en un pool avant hybridation. Les banques ont été séquencées sur Illumina MiSeq, avec 20 cycles de lecture 1 pour séquencer l’UMI de 12 bases et l’index d’échantillon de 8 bases, et 75 cycles de lecture 2 pour séquencer les cibles.
Enrichissement hautement spécifique
La combinaison pré-capture de 96 échantillons en un pool offre d’autres avantages, tels qu’une réduction considérable des étapes de pipetage, des déchets plastiques et des coûts de consommables, ainsi que les bénéfices liés à l’utilisation de plateformes et configurations de séquençage à plus haut débit et à moindre coût.
Jusqu’à 768 échantillons peuvent être combinés en un pool pour un même séquençage.
Spécificité de l’enrichissement avec NEBNext Direct Genotyping Solution pour l’ensemble des 96 échantillons combinés
Le pourcentage de lectures passant le filtre qui s’alignent sur les régions cibles montre une spécificité élevée pour les 96 échantillons multiplexés avec NEBNext Direct Genotyping Solution. 25 ng d’ADN purifié de tomate ont été utilisés au départ pour chaque échantillon. Les échantillons ont été marqués par des index et combinés en un pool avant hybridation. Les banques ont été séquencées sur Illumina MiSeq, avec 20 cycles de lecture 1 pour séquencer l’UMI de 12 bases et l’index d’échantillon de 8 bases, et 75 cycles de lecture 2 pour séquencer les cibles.
Plus d’informations disponibles dans la section Ressources Techniques ou sur neb.com
